Les collections de botanique de l’Université Montpellier 2 comprennent trois grands ensembles : l'Herbier MPU, le Centre de Bio-Archéologie et d'Ecologie et un fonds de lames de pollen.

- L'Herbier de Montpellier, internationalement référencé sous le sigle MPU dans l’Index herbariorum est par le volume et la qualité de ses collections le 2ème herbier de France après celui du Muséum national d’Histoire naturelle. Outil de recherche aussi bien qu’outil patrimonial, l’Herbier MPU comprend environ 3,5 millions d'échantillons de plantes au sens large, mousses et champignons compris.

- Les collections de recherche du Centre de Bio-Archéologie et d'Ecologie (CBAE, UMR 5059), laboratoire localisé à l'institut de botanique à Montpellier, comprennent plus de 15.000 échantillons végétaux actuels provenant du monde entier (bois, fruits, graines, feuilles, résines, organismes modèles tels que la vigne, l'olivier et le dattier) et de nombreux échantillons anciens ou archéologiques (de l'ère Tertiaire aux périodes historiques). Le CBAE est également consultant scientifique de deux Jardins Antiques, véritables collections vivantes ouvertes au public : le Jardin Antique Méditerranéen de Balaruc-les-Bains (Hérault) et les Jardins de Pline l’Ancien du parc archéologique de Cassinomagus à Chassenon (Charente).

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- La collection de lames de pollen de l’ISEM comprend plus de 50.000 lames se présentant sous forme de préparations entre lames et lamelles et pouvant être observées au microscope. Cette collection est un véritable outil de référence et de comparaison puisqu'elle est l'une des plus importantes au monde.

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