Le microscope électronique à balayage JEOL 6300F est constitué d'une colonne électronique avec un canon à effet de champ (source d'électrons à pointe froide fonctionnant par effet tunnel) permettant de former une image haute résolution. Il comprend également un système de pompage à 3 étages pour un vide très poussé. Le pupitre de contrôle vient compléter l'ensemble.

Cet instrument permet d'obtenir une image topographique de l'objet et une image informant sur l'homogénéité chimique de la surface. La colonne permet de focaliser le faisceau d'électrons accélérés par une tension électrique sur la surface de l'objet. Deux champs magnétiques permettent de déplacer ce faisceau sur l'objet. Le balayage synchrone de l'échantillon par un fin faisceau d'électrons et de l'écran d'observation par un second faisceau d'électrons, d'intensité proportionnelle au signal d'un capteur, fournit des images agrandies de la surface.

Selon le détecteur sélectionné ces images apportent différents renseignements sur l'échantillon. Ce microscope possède deux détecteurs : un détecteur d'électrons secondaires et un détecteur d'électrons rétrodiffusés. Le canon FEG, la qualité des lentilles électromagnétiques et le niveau de vide poussé permettent d'avoir une résolution importante pour cette catégorie d'instrument. L'agrandissement maximum de cet instrument, rapport entre la surface balayée sur l'échantillon et sur l'écran d'observation, vaut 140000. Pour les observations, les échantillons doivent être conducteurs de l'électricité ou l'être devenus par métallisation (dépôt de carbone ou platine ou or).