Le microscope électronique à balayage JEOL JSM-35 est composé de 5 grands ensembles : une colonne d'émission d'électrons, un panneau de commande et un panneau de contrôle du vide tous deux analogiques, une pompe à palette pour le vide primaire, et une pompe à diffusion d'huile pour le vide secondaire. La colonne d'émission d'électrons est composée d'une chambre cylindrique à anode, appelée également canon à électrons, d'une zone conique qui focalise le faisceau et d'une chambre sous vide contenant l'échantillon et des photomultiplicateurs. Ces derniers émettent des électrons secondaires qui créent un courant électrique à l'origine de la formation de l'image. Le faisceau est synchrone avec le balayage de l'écran; ce dernier, grâce à sa forte rémanence, conserve tous les points lumineux malgré un balayage lent ce qui donne une image précise. L'appareil permet un grossissement de 10X à 180.000X. et possède un dispositif photographique de précision. Sa tension d'accélération peut atteindre 39 kV.