Le thermocycleur EPPENDORF, modèle mastercycler, est composé d'un couvercle amovible automatisé sur la face supérieure laissant apparaître une plaque thermostatée de 96 puits permettant d'y insérer des tubes de 0,5µl maximum. L'appareil présente de plus un tableau de commande à affichage digital relié à un petit moteur alliant thermostat et thermomètre. Ce panneau de commande permet de sélectionner ou de créer des programmes afin de faciliter l'utilisation. Cet appareil fonctionne sur le modèle d'un instrument à PCR classique (Polymérase Chain Reaction). Il s'agit d'une technique aidant à la mise au point d'un nouveau protocole nécessitant un thermocycleur capable d'assurer des températures différentes, pour une même étape, aux différents échantillons (la PCR classique ne définit qu'une température par étape pour tous les échantillons traités).