La machine à PCR STRATAGÈNE ou RQ-PCR (real time quantitative polymerase chain reaction), modèle Mx3000P, utilise une technique inspirée de la PCR « classique » ou réaction enzymatique de polymérisation en chaîne de l'ADN. Dans la RQ-PCR, la mesure et la visualisation de l'amplification se font en temps réel et sont liées à l'émission de fluorescence à chaque cycle PCR. La détection de l'ADN se fait avec un fluorophore, le SYBR-Green, un agent intercalant très stable qui peut s'insérer dans la chaîne d'ADN uniquement si elle se trouve sous la forme double brin. En solution, le SYBR-Green n'est pas fluorescent lorsqu'il est sous sa forme libre, alors qu'il est très fluorescent lorsqu'il est lié a l'ADN. La quantification est basée sur l'augmentation de fluorescence générée par le mélange SYBR-Green lorsqu'il est intercalé dans le double brin d'ADN. L'ADN, ainsi que le tampon, sont prélevés successivement par les capillaires à partir de plaques à 96 puits. Les capillaires contiennent un gel de migration. L'électrophorèse sépare les différents fragments dans les capillaires selon leur taille, les plus petits passant en premier devant la fenêtre de lecture. Celle-ci est composée d'un laser excitateur de fluorescence et d'un détecteur qui permet de différencier les quatre différents nucléotides (A, T, C, G) en fonction de la longueur d'onde de la fluorescence émise.