Parmi les 40 000 spécimens constituant la collection de zoologie, la collection d’oiseaux naturalisés compte plus de 1 500 références.
Dès la création de la faculté des sciences en 1809, la zoologie est un des enseignements majeurs. Il est donc primordial pour les professeurs de rassembler une importante collection ornithologique afin de présenter aux étudiants la diversité des espèces du monde entier et les exercer à la reconnaissance. Ainsi, les achats, les dons, les legs et les échanges avec d’autres institutions scientifiques du début du XIXe siècle jusqu’aux années 1960 ont permis de constituer cette collection.
Un grand nombre de spécimens sont issus des voyages d’exploration naturalistes, principalement de ceux menés par l’officier de marine Auguste Bérard (1796-1852) qui donne à la faculté plusieurs centaines d’oiseaux en peaux entre 1840 et 1846.
Cette collection rassemble aujourd’hui des spécimens de tous les continents, parfois en voie de disparition aujourd’hui, et témoigne de l’histoire des sciences et de l’histoire de l’anatomie comparée. Au-delà de son intérêt historique et patrimonial, elle est encore aujourd’hui une collection d’enseignement et de recherche (biologie moléculaire, phylogénie etc.).